Giai đoạn 1969 – 1975 là một trong những thời kỳ đặc biệt nhất trong lịch sử hoạt động của Bảo tàng Việt Bắc. Đây là thời gian đơn vị phải đồng thời thực hiện hai nhiệm vụ lớn:
- Bảo vệ an toàn kho tàng tài liệu, hiện vật trong điều kiện chiến tranh ác liệt.
- Duy trì nghiên cứu, sưu tầm và trưng bày, đáp ứng nhu cầu văn hóa – giáo dục của nhân dân.
Khi đế quốc Mỹ ngừng ném bom miền Bắc (1969 – 1971), cán bộ Bảo tàng Việt Bắc ngay lập tức quay trở lại công tác sưu tầm. Nhiệm vụ trọng tâm trong thời kỳ này là nghiên cứu và xây dựng hệ thống trưng bày về thiên nhiên vùng Việt Bắc- một lĩnh vực hoàn toàn mới.
Dù còn hạn chế về chuyên môn, tập thể cán bộ đã nhận được sự hỗ trợ quý báu của nhiều cơ quan trung ương như: Cục Đo đạc và Bản đồ; Nha Khí tượng; Các đoàn địa chất, các mỏ khai khoáng; Bộ Nông nghiệp, Tổng cục Lâm nghiệp; Khoa Sinh vật – Đại học Tổng hợp Hà Nội.
Nhờ đó, đến tháng 8/1969, Bảo tàng Việt Bắc đã hoàn thiện phòng trưng bày Thiên nhiên Việt Bắc, giới thiệu hệ sinh thái phong phú của khu Việt Bắc: giới thiệu địa lý – khí hậu – thủy văn – địa chất – động thực vật của vùng Việt Bắc.
Cũng trong năm 1969, khi Chủ tịch Hồ Chí Minh qua đời, Bảo tàng kịp thời xây dựng chuyên đề tôn vinh tình cảm sâu sắc giữa Bác và đồng bào Việt Bắc chuyên đề “Bác Hồ với nhân dân các dân tộc Việt Bắc” .
1971 – Bảo tàng tiếp nhận số lượng lớn tài liệu từ Quân khu Việt Bắc và tiến hành chỉnh lý phòng Kháng chiến và xây dựng triển lãm lớn “15 năm thành lập Khu tự trị Việt Bắc”.
Tập thể cán bộ công chức, viên chức Bảo tàng Việt Bắc năm 1971.
Dù chiến tranh ác liệt, Bảo tàng vẫn tiếp tục nâng cao công tác tuyên truyền, hướng dẫn và phục vụ tham quan. Năm 1970 – 1971, bảo tàng đón nhiều đoàn quốc tế từ Liên Xô, Trung Quốc, Nhật Bản, Cuba, Đức… cùng hàng nghìn lượt khách trong nước. Nhiều dòng cảm tưởng đã khẳng định vai trò to lớn của Bảo tàng trong giáo dục truyền thống cách mạng.
Tháng 4/1972, Mỹ mở cuộc tập kích phá hoại miền Bắc lần thứ II. Trước tình hình mới, Bảo tàng Việt Bắc phải khẩn trương sơ tán hiện vật lần thứ hai – Cuộc chạy đua bảo vệ di sản giữa bom đạn đến các: Xóm Tướng Quân, xã Dân Chủ (Đồng Hỷ); Xã Cúc Đường (Võ Nhai) – Sau đó: Chuyển sang xã Quang Sơn (Võ Nhai) – 1 tháng sau: Trở lại Cúc Đường do bom B52 đánh phá, gây hư hại một số tài liệu khoa học phụ.
Dù phải di chuyển liên tục, cán bộ vẫn vừa bảo vệ hiện vật, vừa quay về trụ sở chỉnh lý trưng bày và sưu tầm tại địa phương.
Sau Hiệp định Paris 1973, toàn bộ hiện vật trở về, được vệ sinh, bảo quản và tái trưng bày:
1974 – 1975: Hoàn thiện hệ thống trưng bày: chỉnh lý phòng Cách mạng và tổng kiểm kê hiện vật trước khi Khu tự trị Việt Bắc giải thể: 13.910 tài liệu – hiện vật.
Toàn cảnh Bảo tàng Việt Bắc, năm 1975.
Đại thắng mùa Xuân 1975 kết thúc hoàn toàn cuộc kháng chiến chống Mỹ. Đất nước thống nhất, nhân dân bước vào giai đoạn mới. Bảo tàng Việt Bắc, sau suốt những năm tháng kiên trì bảo vệ kho tàng di sản trong bom đạn, sẵn sàng bước vào thời kỳ phát triển mới – thời kỳ của hòa bình, xây dựng và mở rộng nghiên cứu – trưng bày.
